تتميز الزخارف الإسلامية في جامع الشيخ زايد ذات الفروع النباتية والتوريقات الزهرية، والكتابات والتحويرات الهندسية، بإبراز خصوصية التقاليد الإسلامية المتوارثة والتي تعتمد على السكينة الروحية والجسدية والتأمل والبساطة.
الساحة الخارجية (الصحن)
موشاة بمئات الآلاف من قطع الفسيفساء التي استخدمت فيها أنواع مختلفة من الرخام كالإيطالي، والهندي، واليوناني، والصيني. كما استُخدم الرخام الأبيض الشرقي (ايست وايت) والمينغ الأخضر من الصين، ورخام المكرانا الهندي في تزيين أطراف الساحة الخارجية بتشكيلات زهرية مميزة.
الأعمدة الخارجية
تُزيّن أروقة الجامع الخارجية بالأعمدة سداسية الجوانب، المصنوعة من الرخام الأبيض المطعّم بأشباه الأحجار الكريمة التي جُلبت من مختلف أنحاء العالم، وبتصاميم زهرية متشابكة. يبلغ العدد الإجمالي للأعمدة في الجامع 1096 عموداً تم حفرها وتطعيمها باليد من قبل حرفيين مهرة.
الصحن
مما يميز الصحن في الجامع، التشكيلات الزهرية المكونة من الرخام الملون، والتي تلتوي وتلتف بشكل أنيق من أطراف الصحن نحو مركزه. وتم اختيار أنواع مختلفة من الأزهار التي تنبت في الشرق الأوسط مثل زهرة الخزامى والزنبق وزهرة السوسن لتزيين الصحن بالزخارف.
القباب
يضم الجامع 82 قبة ذات أحجام مختلفة، أكبرها تلك التي تقع في منتصف قاعة الصلاة الرئيسية، حيث يبلغ قطرها 32.6 متر وارتفاعها 84 متراً وتعتبر إحدى أكبر القباب في العالم. زينت أطراف الجدران الداخلية للقباب بآياتٍ قرآنية رسمت بأنواع مختلفة من الخط العربي مثل النسخ، والثلث.
وتعتبر القبة الرئيسية التي تتوسط قاعة الصلاة الرئيسية إحدى أكبر القباب من نوعها حول العالم، ويبلغ قطرها 33 متراً وارتفاعها من قمة القبة إلى الأرض حوالي 84 متراً، وقد وشيت الجدران الداخلية للقبة بآيات قرآنية رسمت بخط الثلث وهي أول آيات من سورة الكهف.
البهو
استُوحي تصميم هذا البهو من صورة لحديقة، حيث زينت الجدران بتصاميم نباتية أنيقة، وهي تتسلق وتلتوي لتخلق جمالية تحاكي النباتات الحية، في حين زينت الأرضية برخام تم تنسيقه ليشكل أصناف الزهور من منطقة الخليج العربي، كنبات البلمباغو الأزرق والزنبق الحقلي. وتحمل فكرة التصميم النباتي رسالة الوحدة والتعايش بين شعوب العالم أجمع، وقد استخدمت تقنية التطعيم لتزيين أرضية البهو. أما جدران البهو الرئيسي أو الشرقي، فقد استخدمت فيه تقنية البروز، بحيث تظهر الورود على شكل ثلاثي الأبعاد كما لو كانت نباتات حية تتسلق الجدران بشكل أنيق ومتناسق.
ألواح الأزنيق
تصاميم ألواح الأزنيق في الجامع تظهر رسوماتٍ نباتية، أما الألواح التي تعلو الجدران، فيظهر عليها خط الثلث الذي خطه الفنان التركي حسن شلبي خصيصاً للجامع.
حائط القبلة
يزين جدار القبلة بكثير من الأشكال الزهرية خماسية الأطراف، ويحمل كل منها اسماً من أسماء الله الحسنى، وقد استخدم الخطّاط الإماراتي محمد مندي التميمي الخط الكوفي في كتابتها على هذه الجدران المضاءة بضوء خافت باستخدام الألياف الضوئية، فهذه الأفرع النباتية المضيئة هي عبارة عن ألياف ضوئية كهربائية تشع بشكل مبهر.
الأعمدة الداخلية
ينتشر في داخل القاعة الرئيسية 96 عموداً على مجموعات من أربعة أعمدة. يغطي الرخام الأبيض النقي هذه الأعمدة وهي مطعّمة بعروش العنب المصنوعة من أصداف المحار، تعلوها منمنمات من عذوق النخل المذهبّة، وقد تم تصميم هذه الأعمدة من قبل حرفيين مهرة في مدينة تونقكوان في الصين.
المنبر
يتميز المنبر بأنه مصنوع من خشب الأرز المنقوش بدقة ومهارة عاليتين، والمزيّن بتصاميم من الزهور والمحار المطعّم بالصدف والزجاج المعشّق والذهب الأبيض. كما تعلوه قبة يتخذ القسم العلوي منها شكل الهلال.