تروج وسائل التواصل الاجتماعي، وبعض المدربين، أهمية تناول كوب من ماء الليمون صباحاً، للبقاء بصحة جيدة، وعلى الرغم من أنه يكون ذا فوائد صحية، فإنه يسبب مشكلات أيضاً.
تقول خبيرة التغذية، لورين مانكر، إن البعض يروج أن تناول ماء الليمون يعزز عملية التمثيل الغذائي، ويفتت الدهون، ويزيل السموم من الجسم، إلا أن المراجع الطبية لا تُذكي تناوله، وبدلاً من الحصول على الفوائد المزعومة لتحسين الهضم والتمثيل الغذائي، هناك جانب سيئ لهذه النصيحة الصحية، هو الإصابة بالحموضة المعوية، وارتجاع المريء، جراء تناوله.
وأضافت مانكر أنه بالنسبة لبعض الأشخاص، خاصة أولئك الذين يعانون ارتجاع المريء، شرب ماء الليمون قد يؤدي إلى تفاقم أعراض الارتجاع، وبالمثل الطماطم، أو الجريب فروت؛ إذ تسبب أعراضاً غير مريحة للبعض.
ويحدث الارتجاع عندما يرتد حمض المعدة إلى المريء، ما يسبب التهاباً وتهيجاً، ويعاني حوالي 20% من الأشخاص مرض الارتجاع المعدي المريئي، المعروف باسم "ارتجاع المريء"، وتؤدي الأطعمة الحمضية إلى تفاقم أعراض ارتجاع المريء، بينما تمتلك الأطعمة القلوية والغنية بالألياف، والأطعمة التي تحتوي على الماء، تأثيراً مُهدئاً للأعراض. 
وقد لا يؤثر ماء الليمون بالضرورة بهذه الطريقة، فإذا كان الشخص لا يشعر بهذا التأثير، فإن الالتزام بشرب ماء الليمون يمكن أن يساعد على البقاء رطباً، خاصة بالنسبة لهؤلاء الذين يحبون تناول الحمضيات أفضل من شرب الماء العادي.
وإذا لم يتعرض الجسم لرد فعل سلبي بسبب تناول ماء الليمون، فيمكن تناول كوب واحد فقط عند الاستيقاظ.
بالإضافة لذلك، فإن تناول أي مشروب بطعم حامض مثل ماء الليمون من الممكن أن يضعف مينا الأسنان بمرور الوقت، ويجعل الأسنان أكثر حساسية وعرضة للتجاويف.